Junia est une association, sous statut d’association loi 1901 à but non lucratif, reconnue par l’Etat et contractualisée pour l’ensemble des missions de service public de l’Enseignement Supérieur et de la recherche.
Junia est placée sous l’autorité d’un conseil d’administration et d’une assemblée générale.
Le conseil d’administration de l’association est constitué de personnalités issues du monde économique, universitaire, institutionnel et politique.
Thierry Occre est le directeur général de JUNIA, depuis juillet 2020. Il assure le pilotage de la grande école d'ingénieurs et déploie le plan stratégique avec les membres de son comité exécutif (COMEX).