Junia est membre de fédérations et réseaux : l’Université Catholique de Lille, la FESIC (fédération d’enseignement supérieur d’intérêt collectif), France Agro3 (anciennement FESIA - fédération des écoles supérieures d’ingénieurs en agriculture), la CDEFI (conférence des directeurs des écoles françaises d’ingénieurs), la CGE (conférence des grandes écoles) et la CRGE (conférence régionale des grandes écoles).
